Iskalni niz:
išči po
išči po
išči po
išči po
Vrsta gradiva:
Jezik:
Št. zadetkov: 6
Optimizacija rabe kodonov sintetičnih genov za izražanje v E. coli s strojnim učenjem
Martin Špendl, Gregor Gunčar
Diplomsko delo
Oznake: proteini;zvijanje proteinov;translacija DNA;čas translacije;optimizacija rabe kodonov;strojno učenje;nevronska mreža;LSTM;diplomska dela;
Diplomsko delo je usmerjeno v razvoj algoritma za načrtovanje nukleotidnega zaporedja genov za izražanje v E. coli. Dosedanja metoda za optimizacijo rabe kodonov temelji na rabi posameznih kodonov skozi celoten genom. Ta način optimizacije ne upošteva časa translacije in njegove povezave z zvijanje ...
Leto: 2020 Vir: Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo (UL FKKT)
Self-supervised learning of Cox regression for latent gene set representation
Martin Špendl, Blaž Zupan
Magistrsko delo
Oznake: variational autoencoders;mRNA dynamics;dimensionality reduction;survival analysis;computer science;master's thesis;
Enhanced understanding of disease mechanisms on a molecular level leads to more effective treatment decisions. The high-dimensional nature of such data requires dimensionality reduction techniques to extract important patterns. To improve the interpretation and relevance of latent representations, d ...
Leto: 2024 Vir: Fakulteta za računalništvo in informatiko (UL FRI)
Spletna aplikacija za optimizacijo rabe kodonov
Uroš Hekić, Luka Šajn, Martin Špendl
Magistrsko delo
Oznake: optimizacija rabe kodonov;naključni sprehod;TASEP;Docker;RabbitMQ;računalništvo in informatika;magisteriji;
Optimizacija rabe kodonov je postopek za zamenjavo sinonimnih kodonov z namenom prilagajanja rabe kodonov gostiteljskega organizma, ki se uporablja v predpripravi sinteze proteinov npr. pri izdelavi zdravil, dodatkov v živilski industriji ali pri preučevanju lastnosti proteinov v laboratoriju. Neopt ...
Leto: 2023 Vir: Fakulteta za računalništvo in informatiko (UL FRI)
Nov način optimizacije rabe kodonov z uporabo strojnega učenja na osnovi struktur proteinov
Martin Špendl, Gregor Gunčar, Aljaž Gaber, Miha Pavšič
Magistrsko delo
Oznake: kodoni;raba kodonov;sintetični geni;čas translacije;zvijanje proteinov;strojno učenje;TASEP;magistrska dela;
Izražanje sintetičnih genov v gostiteljskem organizmu zahteva prilagojeno rabo kodonov za višje izkoristke izolacije. Kljub temu da zaporedje kodonov vpliva na zvijanje proteinov, dosedanji algoritmi za optimizacijo rabe kodonov ne upoštevajo strukture proteina. S simulacijo premikanja ribosomov ...
Leto: 2022 Vir: Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo (UL FKKT)
Large scale gene set ranking for survival-related gene sets
Martin Špendl, Jaka Kokošar, Ela Praznik, Luka Ausec, Miha Štajdohar, Blaž Zupan
Izvirni znanstveni članek
Oznake: genetika;genomi;onkologija;razvrščanje genov;analiza preživetja;krivulja preživetja;markerji bolezni;dejavniki tveganja;
Disease progression is closely linked to shifts in the expression levels of specific genes within molecular pathways. While gene set enrichment analysis is a widely employed method for identifying key disease markers, it has been underutilized in survival analysis. Here, we introduce a novel computa ...
Leto: 2025 Vir: Fakulteta za računalništvo in informatiko (UL FRI)
Online tutorial on survival analysis for biomarker discovery
Jaka Kokošar, Ela Praznik, Martin Špendl, Nancy P. Moreno, Alana Newel, Gad Shaulsky, Blaž Zupan
Izvirni znanstveni članek
Oznake: analiza preživetja;odkrivanje biomarkerjev;Kaplan-Meierjeva krivulja;cenzuriranje podatkov;izobraževanje in usposabljanje;survival analysis;biomarker discovery;Kaplan-Meier curve;censoring;education and training;
In biomedicine, survival analysis addresses time-to-event data to study outcomes like patient survival and treatment response, and supports biomarker discovery. Yet, teaching this analysis is often hindered by mathematical and programming barriers. We present a structured, hands-on tutorial that goe ...
Leto: 2026 Vir: Fakulteta za računalništvo in informatiko (UL FRI)
Št. zadetkov: 6
Ključne besede:
Leto izdaje:
Avtorji:
Repozitorij:
Tipologija:
Jezik: